Welker Lab

Base Editor Activity Reporter (BEAR)

Az adenin- és citozin- base editorok (ABE, CBE) által lehetővé vált a bázispár pontosságú génszerkesztés. A BEAR egy plazmid-alapú riporter rendszer, melynek segítségével ABE és CBE editorok hatékonysága vizsgálható gyakorlatilag bármilyen target szekvencia esetében. A BEAR riporter rendszer előnye, hogy a genomi kontextustól függetlenül vizsgálható benne a targetek editálási hatékonysága.

A base editor activity reporter (BEAR) rendszer elve. A BEAR egy osztott GFP kódoló szekvenciából (zöld) áll, amelyet egy intron választ el, amelynek splice donor helye „AC”-re módosul, ami egy diszfunkcionális fehérjét eredményez (szürke). Ez az inaktív splice donorhely megmenthető vagy az „AC” splice donorhelyet „AT”-re visszafordító ABE-kkel, vagy az „AC” splice donorhelyet „GC”-re visszafordító CBE-kkel. Az „AT” és a „GC” ismert funkcionális nem-kanonikus splice donor helyek a humán genomban.

Referencia
Tálas, András ; Simon, Dorottya Anna ; Kulcsár, Péter István ; Varga, Éva ; Krausz, Sarah Laura ; Welker, Ervin
BEAR reveals that increased fidelity variants can successfully reduce the mismatch tolerance of adenine but not cytosine base editors
NATURE COMMUNICATIONS 12 : 1 Paper: 6353 , 14 p. (2021)