Ligeti Zoltán
Predoc
Jelenlegi kutatásom középpontjában a Cas9 variánsok targetspecifitásának vizsgálata áll bakteriális és emlős sejtekben. A CRISPR-Cas9 rendszer hatékony eszközt kínál a genetikai szerkesztésekhez, de a különböző Cas9 variánsok eltérő on-target és off-target hatásokat mutatnak. Célom egy olyan program kifejlesztése, amely lehetővé teszi az optimális Cas9 variáns kiválasztását egy adott DNS részen, minimalizálva ezzel a nem kívánt mellékhatásokat és maximalizálva a specifitást.
Ezzel hozzájárulhatok a precíziós génszerkesztés hatékonyságának és biztonságának növeléséhez.
Tanulmányok
2016 – jelenleg
Doktori iskola
Multidiszciplináris Orvostudományok
Szegedi Tudományegyetem (SZTE)
2016
Biológia MSc
Molekuláris, Immun és Mikrobiológia szakirány
Eötvös Loránd Tudományegyetem (ELTE)
Érdeklődési kör
Tudományos érdeklődésem középpontjában a különböző CRISPR-Cas9 variánsok, genetikai betegségek diagnosztikája és lehetséges terápiái állnak. Kiemelt érdeklődést mutatok a genom szerkesztési módszerek iránt, különösen a CRISPR-Cas9 rendszerrel kapcsolatban, valamint a next-generation sequencing (NGS) technológiák és adatok kiértékelése iránt, különösen a genom analízisek és transzkriptom elemzések terén. A genetikai mutációk és ritka genetikai betegségek diagnosztikájára és jövőbeni terápiás lehetőségeire is figyelmet fordítok, különösképpen a klinikai mutációs adatbázisok felhasználására és szerkesztésére. Ezen kívül kiemelten érdekel még a programozás, a különböző bioinformatikai programok- és a mesterséges intelligencia modellek fejlesztése.
Ez az interdiszciplináris megközelítés lehetőséget ad arra, hogy a genetikai kutatásokat közvetlen klinikai alkalmazásokkal kapcsoljam össze, hozzájárulva a diagnosztikai és terápiás fejlesztésekhez.
Publikációk
Huszár, Krisztina ; Welker, Zsombor ; Györgypál, Zoltán ; Tóth, Eszter ; Ligeti, Zoltán ; Kulcsár, Péter István ; Dancsó, János ; Tálas, András ; Krausz, Sarah Laura ; Varga, Éva ; Welker Ervin
Position-dependent sequence motif preferences of SpCas9 are largely determined by scaffold-complementary spacer motifs
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 51 : 11 pp. 5847-5863. , 17 p. (2023)
DOI WoS REAL Scopus PubMed
Article (Journal Article)
Kulcsár, Péter István ; Tálas, András ; Ligeti, Zoltán ; Tóth, Eszter ; Rakvács, Zsófia ; Bartos, Zsuzsanna ; Krausz, Sharah Laura ; Welker, Ágnes ; Végi, Vanessza Laura ; Huszár, Krisztina ; Welker Ervin
A cleavage rule for selection of increased-fidelity SpCas9 variants with high efficiency and no detectable off-targets
NATURE COMMUNICATIONS 14 : 1 Paper: 5746 , 20 p. (2023)
DOI WoS Scopus PubMed
Article (Journal Article)
Kulcsár, Péter István ; Tálas, András ; Ligeti, Zoltán ; Krausz, Sarah Laura ; Welker, Ervin
SuperFi-Cas9 exhibits remarkable fidelity but severely reduced activity yet works effectively with ABE8e
NATURE COMMUNICATIONS 13 : 1 Paper: 6858 , 11 p. (2022)
DOI WoS REAL Scopus PubMed
Article (Journal Article)
Kulcsár, Péter István ; Tálas, András ; Tóth, Eszter ; Nyeste, Antal ; Ligeti, Zoltán ; Welker, Zsombor ; Welker, Ervin
Blackjack mutations improve the on-target activities of increased fidelity variants of SpCas9 with 5′G-extended sgRNAs
NATURE COMMUNICATIONS 11 : 1 Paper: 1223 , 14 p. (2020)
DOI REAL WoS Scopus PubMed
Article (Journal Article)
Tóth, Eszter ; Varga, Éva ; Kulcsár, Péter István ; Kocsis-Jutka, Virág ; Krausz, Sarah Laura ; Nyeste, Antal ; Welker, Zsombor ; Huszár, Krisztina ; Ligeti, Zoltán ; Tálas, András ; Welker, Ervin
Improved LbCas12a variants with altered PAM specificities further broaden the genome targeting range of Cas12a nucleases
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48 : 7 pp. 3722-3733. , 12 p. (2020)
DOI REAL WoS Scopus PubMed Other URL
Article (Journal Article)
Tóth, Eszter ; Czene, Bernadett C ; Kulcsár, Péter István ; Krausz, Sarah Laura ; Tálas, András ; Nyeste, Antal ; Varga, Éva ; Huszár, Krisztina ; Weinhardt, Nóra ; Ligeti, Zoltán ; Borsy, Adrienn Éva ; Fodor, Elfrieda ; Welker, Ervin
Mb- and FnCpf1 nucleases are active in mammalian cells: activities and PAM preferences of four wild-type Cpf1 nucleases and of their altered PAM specificity variants
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 46 : 19 pp. 10272-10285. , 14 p. (2018)
DOI REAL WoS Scopus PubMed
Article (Journal Article)
Kulcsár, Péter István ; Tálas, András ; Huszár, Krisztina ; Ligeti, Zoltán ; Toth, Eszter ; Weinhardt, Nóra ; Fodor, Elfrieda ; Welker, Ervin
Crossing enhanced and high fidelity SpCas9 nucleases to optimize specificity and cleavage
GENOME BIOLOGY 18 Paper: 190 , 17 p. (2017)
DOI REAL WoS Scopus PubMed SZTE Publicatio
Article (Journal Article)
Tálas, András ; Kulcsár, Péter István ; Weinhardt, Nóra ; Borsy, Adrienn ; Tóth, Eszter ; Szebényi, Kornélia ; Krausz, Sarah Laura ; Huszár, Krisztina ; Vida, István ; Sturm, Ádám ; Gordos, Bianka ; Hoffmann, Orsolya Ivett ; Bencsura, Petra ; Nyeste, Antal ; Ligeti, Zoltán ; Fodor, Elfrieda ; Welker, Ervin
A convenient method to pre-screen candidate guide RNAs for CRISPR/Cas9 gene editing by NHEJ-mediated integration of a ‘self-cleaving’ GFP-expression plasmid
DNA RESEARCH 24 : 6 pp. 609-621. , 13 p. (2017)
DOI REAL WoS EDIT Scopus PubMed SZTE Publicatio
Article (Journal Article)